Wenn das Phänomen auftritt, dass Tomboy unter Gnome 3 aus dem Autostart verschwindet, und auch nach erneutem Einfügen darin bei jedem Gnome-Start wieder entfernt wird = nicht startet, gibt es Abhilfe.
Was das soll und woher es kommt, weiß ich auch nicht, aber man kann das Problem wie folgt „quick & dirty“ lösen: Einfach in die ~.bashrc
folgenden Befehl schreiben:
cp /usr/share/applications/tomboy.desktop ~/.config/autostart/
Da die User-Shell vor Gnome starten muss, weil aus dieser ja Gnome überhaupt erst gestartet wird, ist der Autostarteintrag gerade gesetzt wenn Gnome startet, und Gnome hat keine Chance mehr den „rechtzeitig“ zu löschen. Läuft.